小学六年级学生进藤光在阁楼里发现了一张带有血迹的围棋棋盘，被千年棋魂藤原佐为附身。从此，进藤光在佐为的指导下，学习围棋，和筒井学长和三谷共同组建了学校围棋社，并成为了院生，认识了伊角、和谷、越智等许多和他同龄的高手。与此同时，被进藤光体内的佐为打败的围棋名家的儿子塔矢亮，也为了追赶佐为，进入了职业棋坛。第二年，进藤光也通过努力通过了职业考试。但就在这时，佐为却不明不白的消失了！进藤光一时没了斗志，想要放弃围棋，多亏从中国归来的伊角重新唤起了他的斗志。如今，伊角通过职业考试，成为了一名棋士。小亮终于发现了，在光仔身后有另一个人Sai。小光和小亮成了一对朋友（但经常吵架）。日本、中国、韩国要举办一个18岁以下的团体赛，小亮已是参赛选手，小光以第一取的参加权。小光、小亮、社三人代表日本参加北斗杯，他们会取胜吗？剧场版为通向北斗杯的道路